ዜና

ባለፉት አስርት ዓመታት ውስጥ የጂን ሴኬቲንግ ቴክኖሎጂ በካንሰር ምርምር እና ክሊኒካዊ ልምምድ ውስጥ በሰፊው ጥቅም ላይ ውሏል, ይህም የካንሰርን ሞለኪውላዊ ባህሪያት ለማሳየት አስፈላጊ መሳሪያ ሆኗል. በሞለኪውላዊ ምርመራ እና የታለመ ሕክምና እድገቶች የቲዩመር ትክክለኛነት ሕክምና ጽንሰ-ሀሳቦችን ያበረታታሉ እና በጠቅላላው ዕጢ ምርመራ እና ሕክምና መስክ ላይ ትልቅ ለውጥ አምጥተዋል። የዘረመል ምርመራ የካንሰርን ስጋት ለማስጠንቀቅ፣ የህክምና ውሳኔዎችን ለመምራት እና ትንበያዎችን ለመገምገም እና የታካሚ ክሊኒካዊ ውጤቶችን ለማሻሻል ጠቃሚ መሳሪያ ነው። እዚህ፣ በቅርብ ጊዜ በCA Cancer J Clin፣ JCO፣ Ann Oncol እና ሌሎች መጽሔቶች ላይ የታተሙትን መጣጥፎች ጠቅለል አድርገን በካንሰር ምርመራ እና ህክምና ላይ የዘረመል ምርመራ አተገባበርን ለመገምገም።

የሶማቲክ ሚውቴሽን እና የጀርም ሚውቴሽን። ባጠቃላይ ካንሰር የሚከሰተው ከወላጆች (ጀርምላይን ሚውቴሽን) ሊወረስ ወይም ከእድሜ ጋር ሊመጣ በሚችል በዲኤንኤ ሚውቴሽን ምክንያት ነው። የጀርም መስመር ሚውቴሽን ከውልደት ጀምሮ ይገኛል፣ እና ሚውቴተሩ አብዛኛውን ጊዜ በሰውነት ውስጥ ባሉ እያንዳንዱ ሴል ዲ ኤን ኤ ውስጥ ሚውቴሽን ይይዛል እና ወደ ዘሮች ሊተላለፍ ይችላል። የሶማቲክ ሚውቴሽን በጋሜቲክ ባልሆኑ ህዋሶች ውስጥ ባሉ ግለሰቦች የተገኘ ሲሆን አብዛኛውን ጊዜ ለዘር አይተላለፍም. ሁለቱም ጀርምላይን እና ሶማቲክ ሚውቴሽን የሴሎች መደበኛ ተግባራዊ እንቅስቃሴን ያጠፋሉ እና ወደ ሴሎች አደገኛ ለውጥ ያመራሉ. የሶማቲክ ሚውቴሽን የመርከስ ቁልፍ ነጂ እና በኦንኮሎጂ ውስጥ በጣም ትንበያ ባዮማርከር ነው; ነገር ግን በግምት ከ10 እስከ 20 በመቶ የሚሆኑ እጢ በሽተኞች የጀርምላይን ሚውቴሽን ተሸክመዋል ይህም የካንሰር ተጋላጭነታቸውን በከፍተኛ ሁኔታ ይጨምራል፣ እና ከነዚህም ሚውቴሽን ጥቂቶቹ ህክምናዊ ናቸው።
የአሽከርካሪ ሚውቴሽን እና የተሳፋሪ ሚውቴሽን። ሁሉም የዲ ኤን ኤ ዓይነቶች የሕዋስ ሥራ ላይ ተጽዕኖ አያሳርፉም; መደበኛውን የሕዋስ መበላሸት ለመቀስቀስ በአማካይ፣ “የአሽከርካሪ ሚውቴሽን” በመባል የሚታወቁት ከአምስት እስከ አሥር ጂኖሚክ ክስተቶችን ይወስዳል። የአሽከርካሪዎች ሚውቴሽን ብዙውን ጊዜ ከሴል ህይወት እንቅስቃሴዎች ጋር በቅርበት በተያያዙ ጂኖች ውስጥ ይከሰታሉ፣ ለምሳሌ በሴሎች እድገት ቁጥጥር፣ በዲኤንኤ ጥገና፣ በሴል ዑደት ቁጥጥር እና በሌሎች የህይወት ሂደቶች ውስጥ በተሳተፉ ጂኖች ውስጥ እና እንደ ህክምና ኢላማዎች የመጠቀም እድል አላቸው። ይሁን እንጂ በማንኛውም ካንሰር ውስጥ ያለው አጠቃላይ ሚውቴሽን በጣም ትልቅ ነው፣ በአንዳንድ የጡት ካንሰሮች ውስጥ ከበርካታ ሺዎች እስከ 100,000 የሚደርሱ በአንዳንድ በጣም ተለዋዋጭ የኮሎሬክታል እና የ endometrial ካንሰሮች ውስጥ። አብዛኞቹ ሚውቴሽን ምንም ወይም የተገደበ ባዮሎጂያዊ ጠቀሜታ የላቸውም፣ ምንም እንኳን ሚውቴሽን በኮዲንግ ክልል ውስጥ ቢከሰት እንኳን፣ እንዲህ ያሉ ቀላል የማይባሉ ሚውቴሽን ክስተቶች “የተሳፋሪ ሚውቴሽን” ይባላሉ። በአንድ የተወሰነ ዕጢ ዓይነት ውስጥ ያለው የጂን ልዩነት ለሕክምና የሚሰጠውን ምላሽ ወይም የመቋቋም አቅም የሚተነብይ ከሆነ፣ ተለዋጩ በክሊኒካዊ ሁኔታ እንደሚሠራ ይቆጠራል።
ኦንኮጅኖች እና ዕጢዎች የሚከላከሉ ጂኖች. በካንሰር ውስጥ በተደጋጋሚ የሚለዋወጡት ጂኖች በግምት በሁለት ምድቦች ሊከፈሉ ይችላሉ, ኦንኮጂን እና እጢ ማፈንያ ጂኖች. በመደበኛ ሴሎች ውስጥ በኦንኮጅን የተመሰከረው ፕሮቲን በዋናነት የሕዋስ መስፋፋትን በማስተዋወቅ እና የሕዋስ አፖፕቶሲስን በመከላከል ሚና የሚጫወተው ሲሆን በኦንኮሱፕረር ጂኖች የተመሰከረው ፕሮቲን ደግሞ መደበኛ የሕዋስ ሥራን ለመጠበቅ የሕዋስ ክፍፍልን አሉታዊ በሆነ መልኩ የመቆጣጠር ኃላፊነት አለበት። በአስከፊው የለውጥ ሂደት ውስጥ, የጂኖሚክ ሚውቴሽን ኦንኮጂን እንቅስቃሴን ወደ ማሳደግ እና የኦንኮሱፕረር ጂን እንቅስቃሴን መቀነስ ወይም ማጣት ያስከትላል.
ትንሽ ልዩነት እና መዋቅራዊ ልዩነት. በጂኖም ውስጥ እነዚህ ሁለት ዋና ዋና ሚውቴሽን ዓይነቶች ናቸው። ትንንሽ ተለዋጮች ዲ ኤን ኤ በመቀየር፣ በመሰረዝ ወይም በማከል አነስተኛ ቁጥር ያላቸውን መሠረቶች፣ ቤዝ ማስገባትን፣ መሰረዝን፣ ፍሬምሺፍትን፣ የኮዶን መጥፋትን ጀምር፣ የኮዶን መጥፋት ሚውቴሽን ማቆም፣ ወዘተ ጨምሮ። ወይም መተርጎም. እነዚህ ሚውቴሽን የፕሮቲን ተግባር እንዲቀንስ ወይም እንዲሻሻል ሊያደርግ ይችላል። በግለሰብ ጂኖች ደረጃ ላይ ከሚደረጉ ለውጦች በተጨማሪ የጂኖሚክ ፊርማዎች የክሊኒካዊ ቅደም ተከተል ሪፖርቶች አካል ናቸው. የጂኖሚክ ፊርማዎች እንደ ትንሽ እና/ወይም መዋቅራዊ ልዩነቶች ውስብስብ ቅጦች፣ እበጥ ሚውቴሽን ሎድ (TMB)፣ የማይክሮ ሳተላይት አለመረጋጋት (ኤምኤስአይ) እና ግብረ ሰዶማዊ ድጋሚ ውህደት ጉድለቶች ሊታዩ ይችላሉ።

ክሎናል ሚውቴሽን እና ንዑስ ክሎናል ሚውቴሽን። ክሎናል ሚውቴሽን በሁሉም የቲሞር ሴሎች ውስጥ ይገኛል, በምርመራው ላይ ይገኛሉ እና ከህክምናው እድገት በኋላ ይቆያሉ. ስለዚህ ክሎናል ሚውቴሽን እንደ ዕጢ ሕክምና ዓላማዎች የመጠቀም ችሎታ አለው። የንዑስ ክሎናል ሚውቴሽን በካንሰር ሕዋሳት ክፍል ውስጥ ብቻ የሚገኝ ሲሆን በምርመራው መጀመሪያ ላይ ሊታወቅ ይችላል, ነገር ግን በቀጣይ ተደጋጋሚነት ይጠፋል ወይም ከህክምና በኋላ ብቻ ይታያል. የካንሰር ልዩነት በአንድ ካንሰር ውስጥ ብዙ ንዑስ ክሎናል ሚውቴሽን መኖሩን ያመለክታል. ከሁሉም በላይ አብዛኛው ክሊኒካዊ ጉልህ የሆነ የነጂ ሚውቴሽን በሁሉም የተለመዱ የካንሰር ዓይነቶች ውስጥ ክሎናል ሚውቴሽን ናቸው እና በካንሰር እድገት ጊዜ ሁሉ የተረጋጋ ናቸው። ብዙውን ጊዜ በንዑስ ክሎኖች የሚስተናገደው ተቃውሞ በምርመራው ጊዜ ላይገኝ ይችላል ነገር ግን ከህክምናው በኋላ እንደገና ሲያገረሽ ይታያል.

ባህላዊው ቴክኒክ FISH ወይም cell karyotype በክሮሞሶም ደረጃ ላይ ያሉ ለውጦችን ለመለየት ይጠቅማል። ዓሳ የጂን ውህዶችን፣ ስረዛዎችን እና ማጉላትን ለመለየት ጥቅም ላይ ሊውል ይችላል፣ እና እንደዚህ አይነት ተለዋጮችን ለመለየት እንደ “ወርቅ ደረጃ” ይቆጠራል፣ ከፍተኛ ትክክለኛነት እና ስሜታዊነት ግን የተገደበ ነው። በአንዳንድ የሂማቶሎጂካል እክሎች, በተለይም አጣዳፊ ሉኪሚያ, ካሪዮቲፒንግ ምርመራን እና ትንበያዎችን ለመምራት አሁንም ጥቅም ላይ ይውላል, ነገር ግን ይህ ዘዴ ቀስ በቀስ እንደ FISH, WGS እና NGS ባሉ የታለሙ ሞለኪውላዊ ምርመራዎች እየተተካ ነው.
በግለሰብ ጂኖች ላይ የሚደረጉ ለውጦች በ PCR፣ በእውነተኛ ጊዜ PCR እና በዲጂታል ጠብታ PCR ሁለቱም ሊገኙ ይችላሉ። እነዚህ ቴክኒኮች ከፍተኛ የመነካካት ስሜት አላቸው፣ በተለይም ጥቃቅን ቁስሎችን ለመለየት እና ለመከታተል ተስማሚ ናቸው እና በአንጻራዊ ሁኔታ በአጭር ጊዜ ውስጥ ውጤቶችን ሊያገኙ ይችላሉ ፣ ጉዳቱ የመለየት ወሰን ውስን ነው (ብዙውን ጊዜ በአንድ ወይም በጥቂት ጂኖች ውስጥ ሚውቴሽንን ብቻ መለየት) እና ብዙ ሙከራዎችን የማድረግ ችሎታ ውስን ነው።
Immunohistochemistry (IHC) እንደ ERBB2 (HER2) እና ኢስትሮጅን ተቀባይ ያሉ የባዮማርከርን አገላለጽ ለመለየት በፕሮቲን ላይ የተመሰረተ የክትትል መሳሪያ ነው:: IHC የተወሰኑ ሚውቴሽን ፕሮቲኖችን (እንደ BRAF V600E) እና የተወሰኑ የጂን ውህዶችን (እንደ ALK ውህዶች ያሉ) ለመለየት ጥቅም ላይ ሊውል ይችላል። የ IHC ጥቅሙ በተለመደው የቲሹ ትንተና ሂደት ውስጥ በቀላሉ ሊዋሃድ ስለሚችል ከሌሎች ሙከራዎች ጋር ሊጣመር ይችላል. በተጨማሪም, IHC በሴሉላር ፕሮቲን አካባቢ ላይ መረጃን ሊሰጥ ይችላል. ጉዳቶቹ ውሱን መስፋፋት እና ከፍተኛ ድርጅታዊ ፍላጎቶች ናቸው።
የሁለተኛ-ትውልድ ቅደም ተከተል (NGS) ኤንጂኤስ በዲ ኤን ኤ እና/ወይም አር ኤን ኤ ደረጃ ላይ ያሉ ልዩነቶችን ለመለየት ከፍተኛ መጠን ያለው ትይዩ ቅደም ተከተል ቴክኒኮችን ይጠቀማል። ይህ ዘዴ ሁለቱንም ሙሉ ጂኖም (WGS) እና የፍላጎት ጂን ክልሎችን በቅደም ተከተል መጠቀም ይቻላል. WGS በጣም አጠቃላይ የሆነ የጂኖም ሚውቴሽን መረጃን ይሰጣል፣ ነገር ግን ለክሊኒካዊ አተገባበሩ ብዙ መሰናክሎች አሉ፣ ይህም ትኩስ እጢ ቲሹ ናሙናዎችን አስፈላጊነትን ጨምሮ (WGS ፎርማሊን የማይንቀሳቀሱ ናሙናዎችን ለመተንተን እስካሁን ተስማሚ አይደለም) እና ከፍተኛ ወጪ።
የታለመ የኤንጂኤስ ቅደም ተከተል አጠቃላይ የኤክስዮን ቅደም ተከተል እና የጂን ፓነልን ያካትታል። እነዚህ ሙከራዎች የፍላጎት ክልሎችን በዲኤንኤ መመርመሪያዎች ወይም በ PCR ማጉላት ያበለጽጉታል፣በዚህም የሚፈለገውን ቅደም ተከተል መጠን ይገድባል (ሙሉው exome ከጂኖም ከ 1 እስከ 2 በመቶ ይይዛል እና 500 ጂኖችን የያዙ ትላልቅ ፓነሎች እንኳን 0.1 በመቶውን ጂኖም ይይዛሉ)። ምንም እንኳን ሙሉ የኤክስዮን ቅደም ተከተል በፎርማሊን ቋሚ ቲሹዎች ውስጥ ጥሩ ውጤት ቢኖረውም, ዋጋው ከፍተኛ ነው. የዒላማ ጂን ውህዶች በአንጻራዊ ሁኔታ ኢኮኖሚያዊ ናቸው እና ጂኖችን ለመምረጥ ተለዋዋጭነትን ይፈቅዳሉ። በተጨማሪም፣ ነጻ ዲ ኤን ኤ (ሲኤፍኤንኤ) በፈሳሽ ባዮፕሲ በመባል የሚታወቀው የካንሰር ሕመምተኞች ጂኖሚክ ትንታኔ እንደ አዲስ አማራጭ እየወጣ ነው። ሁለቱም የካንሰር ህዋሶች እና መደበኛ ህዋሶች ዲ ኤን ኤ ወደ ደም ውስጥ ሊለቁ ይችላሉ፣ እና ከካንሰር ሴሎች የሚፈሰው ዲ ኤን ኤ circulating tumor DNA (ctDNA) ተብሎ የሚጠራ ሲሆን ይህም በእጢ ህዋሶች ውስጥ ሊፈጠሩ የሚችሉ ሚውቴሽንን ለመለየት ሊተነተን ይችላል።
የፈተናው ምርጫ የሚወሰነው በልዩ ክሊኒካዊ ችግር ላይ ነው. ከተፈቀዱ ሕክምናዎች ጋር የተያያዙ አብዛኛዎቹ ባዮማርከርስ በ FISH፣ IHC እና PCR ቴክኒኮች ሊገኙ ይችላሉ። እነዚህ ዘዴዎች አነስተኛ መጠን ያላቸው ባዮማርከርን ለመለየት ምክንያታዊ ናቸው, ነገር ግን በጨመረ መጠን የመለየት ቅልጥፍናን አያሻሽሉም, እና በጣም ብዙ ባዮማርከርስ ከተገኘ, ለመለየት በቂ ቲሹ ላይኖር ይችላል. በአንዳንድ የተወሰኑ ካንሰሮች፣ ለምሳሌ የሳንባ ካንሰር፣ የቲሹ ናሙናዎችን ለማግኘት አስቸጋሪ በሆነበት እና በርካታ ባዮማርከርን ለመመርመር ኤንጂኤስን መጠቀም የተሻለ ምርጫ ነው። በማጠቃለያው የመመርመሪያው ምርጫ የሚወሰነው ለእያንዳንዱ ታካሚ የሚመረመሩ ባዮማርከርስ እና የታካሚዎች ቁጥር ነው. በአንዳንድ አጋጣሚዎች የ IHC/FISH አጠቃቀም በቂ ነው, በተለይም ዒላማው ሲታወቅ, ለምሳሌ የኢስትሮጅን ተቀባይ ተቀባይዎችን, ፕሮጄስትሮን ተቀባይዎችን እና ERBB2ን በጡት ካንሰር በሽተኞች መለየት. የጂኖሚክ ሚውቴሽን የበለጠ አጠቃላይ አሰሳ እና ሊሆኑ የሚችሉ የሕክምና ኢላማዎችን መፈለግ የሚያስፈልግ ከሆነ NGS የበለጠ የተደራጀ እና ወጪ ቆጣቢ ነው። በተጨማሪም፣ NGS የIHC/FISH ውጤቶች አሻሚ ወይም የማያሳምሙ በሆኑ ጉዳዮች ላይ ሊታሰብ ይችላል።

የተለያዩ መመሪያዎች ታካሚዎች የትኞቹ ለጄኔቲክ ምርመራ ብቁ መሆን እንዳለባቸው መመሪያ ይሰጣሉ. እ.ኤ.አ. በ 2020 ፣ የ ESMO Precision Medicine Working ቡድን ከፍተኛ ካንሰር ላለባቸው ህመምተኞች የመጀመሪያውን የኤንጂኤስ ምርመራ ምክሮችን አቅርቧል ፣ መደበኛ የ NGS ምርመራ የላቀ ስኩዌመስ ላልሆኑ ትናንሽ ሴል ሳንባ ካንሰር ፣ የፕሮስቴት ካንሰር ፣ የአንጀት ካንሰር ፣ ይዛወርና ቱቦ ካንሰር እና የማህፀን ካንሰር እጢ ናሙናዎች እና በ 2024 ፣ ESMO በዚህ ዕጢዎች ላይ ተዘምኗል እና አልፎ አልፎ ካንሰርን ይመክራል ። እንደ የጨጓራና ትራክት ስትሮማል እጢዎች፣ sarcomas፣ ታይሮይድ ካንሰሮች እና ምንጩ ያልታወቀ ካንሰር።
እ.ኤ.አ. በ 2022 ፣ የ ASCO ክሊኒካዊ አስተያየት በሜታስታቲክ ወይም የላቀ ካንሰር ባለባቸው ታማሚዎች ላይ የሶማቲክ ጂኖም ምርመራ እንደሚያሳየው ከባዮማርከር ጋር የተዛመደ ቴራፒ ሜታስታቲክ ወይም የላቀ ጠንካራ እጢ ባለባቸው በሽተኞች ከተፈቀደ ለእነዚህ በሽተኞች የዘረመል ምርመራ ይመከራል። ለምሳሌ የጂኖሚክ ምርመራ ሜታስታቲክ ሜላኖማ ባለባቸው ታማሚዎች የBRAF V600E ሚውቴሽንን ለማጣራት RAF እና MEK inhibitors የተፈቀደላቸው ለዚህ ማሳያ ስለሆነ። በተጨማሪም ለታካሚው የሚሰጠውን መድሃኒት የመቋቋም ግልጽ ምልክት ካለ የጄኔቲክ ምርመራ መደረግ አለበት. Egfrmab፣ ለምሳሌ፣ በKRAS mutant colorectal ካንሰር ውስጥ ውጤታማ አይደለም። የታካሚውን ለጂን ቅደም ተከተል ተስማሚነት ግምት ውስጥ በማስገባት የታካሚው አካላዊ ሁኔታ, ተጓዳኝ በሽታዎች እና እጢዎች ደረጃ የተዋሃዱ መሆን አለባቸው, ምክንያቱም ለጂኖም ቅደም ተከተል የሚያስፈልጉት ተከታታይ እርምጃዎች የታካሚ ፈቃድ, የላቦራቶሪ ሂደት እና የቅደም ተከተል ውጤቶች ትንተና, ታካሚው በቂ የአካል ብቃት እና የህይወት ዘመን እንዲኖረው ይጠይቃል.
ከሶማቲክ ሚውቴሽን በተጨማሪ አንዳንድ ካንሰሮች ለጀርም ጂኖች መሞከር አለባቸው። የጀርም መስመር ሚውቴሽንን መሞከር እንደ BRCA1 እና BRCA2 በጡት፣ ኦቭየርስ፣ ፕሮስቴት እና የጣፊያ ካንሰሮች ላይ ለሚታዩ ካንሰር ላሉ ህክምናዎች በሚሰጠው ውሳኔ ላይ ተጽእኖ ሊያሳድር ይችላል። የጀርምላይን ሚውቴሽን ለወደፊቱ የካንሰር ምርመራ እና በታካሚዎች መከላከል ላይ አንድምታ ሊኖረው ይችላል። ለጀርምላይን ሚውቴሽን ለመፈተሽ ምቹ የሆኑ ታካሚዎች አንዳንድ ሁኔታዎችን ማሟላት አለባቸው፣ እነዚህም እንደ የቤተሰብ ታሪክ የካንሰር፣የምርመራ እድሜ እና የካንሰር አይነት። ይሁን እንጂ ብዙ ሕመምተኞች (እስከ 50%) በጀርም መስመር ውስጥ በሽታ አምጪ ሚውቴሽን ተሸክመው በቤተሰብ ታሪክ ላይ ተመስርተው የጀርም መስመር ሚውቴሽን ለመፈተሽ ባህላዊ መስፈርቶችን አያሟሉም. ስለዚህ ሚውቴሽን ተሸካሚዎችን ለመለየት ከፍተኛውን የብሔራዊ ኮምፐሬሄንሲቭ ካንሰር ኔትወርክ (NCCN) የጡት፣ ኦቫሪያን፣ ኢንዶሜትሪያል፣ የጣፊያ፣ ኮሎሬክታል ወይም የፕሮስቴት ካንሰር ያለባቸው ታካሚዎች በሙሉ ወይም አብዛኞቹ በሽተኞች በጀርም መስመር ሚውቴሽን እንዲመረመሩ ይመክራል።
የጄኔቲክ ምርመራ ጊዜን በተመለከተ ፣ አብዛኛው ክሊኒካዊ ጉልህ የሆነ የአሽከርካሪዎች ሚውቴሽን በካንሰር እድገት ሂደት ውስጥ ክሎናል እና በአንጻራዊ ሁኔታ የተረጋጋ ስለሆነ ፣ የላቀ ካንሰር በሚታወቅበት ጊዜ በበሽተኞች ላይ የጄኔቲክ ምርመራ ማካሄድ ምክንያታዊ ነው። ለቀጣይ የጄኔቲክ ምርመራ፣ በተለይም ከሞለኪውላር ኢላማ የተደረገ ሕክምና በኋላ፣ የctDNA ምርመራ ከእጢ ቲሹ ዲ ኤን ኤ የበለጠ ጠቀሜታ አለው፣ ምክንያቱም የደም ዲ ኤን ኤ ከሁሉም ዕጢዎች ውስጥ ዲ ኤን ኤ ሊይዝ ስለሚችል ስለ ዕጢው ልዩነት መረጃ ለማግኘት የበለጠ ምቹ ነው።
ከህክምናው በኋላ የ ctDNA ትንተና ለህክምናው ዕጢ ምላሽን ለመተንበይ እና ከመደበኛ የምስል ዘዴዎች ቀደም ብሎ የበሽታዎችን እድገት መለየት ይችላል. ይሁን እንጂ እነዚህን መረጃዎች የሕክምና ውሳኔዎችን ለመምራት የሚረዱ ፕሮቶኮሎች አልተቋቋሙም, እና የ ctDNA ትንተና በክሊኒካዊ ሙከራዎች ካልሆነ በስተቀር አይመከርም. ctDNA በተጨማሪም ራዲካል እጢ ቀዶ ጥገና ከተደረገለት በኋላ ትናንሽ ቀሪዎችን ለመገምገም ጥቅም ላይ ሊውል ይችላል. ከቀዶ ጥገና በኋላ የ ctDNA ምርመራ ለቀጣይ የበሽታ መሻሻል ጠንካራ ትንበያ ነው እና አንድ በሽተኛ ከአድጁቫንት ኬሞቴራፒ ተጠቃሚ መሆን አለመቻሉን ለማወቅ ይረዳል፣ ነገር ግን የረዳት ኬሞቴራፒ ውሳኔዎችን ለመምራት ከክሊኒካዊ ሙከራዎች ውጭ ctDNA መጠቀም አይመከርም።

የውሂብ ሂደት በጂኖም ቅደም ተከተል ውስጥ የመጀመሪያው እርምጃ ዲኤንኤን ከታካሚ ናሙናዎች ማውጣት, ቤተ-መጻሕፍት ማዘጋጀት እና ጥሬ ቅደም ተከተል መረጃን ማመንጨት ነው. ጥሬው መረጃ ዝቅተኛ ጥራት ያለው መረጃን በማጣራት ፣ ከማጣቀሻው ጂኖም ጋር ማነፃፀር ፣የተለያዩ ሚውቴሽን ዓይነቶችን በተለያዩ የትንታኔ ስልተ ቀመሮች መለየት ፣የእነዚህ ሚውቴሽን በፕሮቲን ትርጉም ላይ ያለውን ተፅእኖ እና የጀርም መስመር ሚውቴሽን ማጣራትን ጨምሮ ተጨማሪ ሂደትን ይፈልጋል።
የአሽከርካሪ ጂን ማብራሪያ የአሽከርካሪዎችን እና የተሳፋሪዎችን ሚውቴሽን ለመለየት የተነደፈ ነው። የአሽከርካሪዎች ሚውቴሽን ወደ ማጣት ወይም የእጢ ማፈንያ የጂን እንቅስቃሴን ይጨምራል። እጢን የሚጨቁኑ ጂኖች ወደማይነቃነቅ የሚመሩ ትንንሽ ልዩነቶች ትርጉም የለሽ ሚውቴሽን፣ የፍሬምሺፍት ሚውቴሽን እና የቁልፍ ስፔሊንግ ሳይት ሚውቴሽን፣ እንዲሁም ብዙ ጊዜ ጅምር ኮዶን መሰረዝ፣ ኮድን መሰረዝን እና ሰፋ ያለ የኢንትሮን ማስገባት/መሰረዝ ሚውቴሽን ያካትታሉ። በተጨማሪም፣ የተሳሳተ ሚውቴሽን እና ትንሽ ኢንትሮን ማስገባት/ስረዛ ሚውቴሽን እንዲሁ ጠቃሚ የሆኑ ተግባራዊ ጎራዎችን በሚጎዳበት ጊዜ ዕጢን የሚከላከል የጂን እንቅስቃሴን ወደ ማጣት ሊያመራ ይችላል። ወደ እብጠቱ የሚያጠፋው የጂን እንቅስቃሴ ወደ ማጣት የሚወስዱ መዋቅራዊ ልዩነቶች በከፊል ወይም ሙሉ በሙሉ የጂን መሰረዝ እና ሌሎች የጂን ንባብ ፍሬም ወደ ጥፋት የሚያደርሱ ሌሎች ጂኖሚክ ልዩነቶችን ያካትታሉ። ወደ ኦንኮጂን የተሻሻለ ተግባር የሚመሩ ትናንሽ ልዩነቶች የተሳሳተ ሚውቴሽን እና አስፈላጊ የፕሮቲን ተግባራዊ ጎራዎችን የሚያነጣጥሩ አንዳንድ ጊዜ መግቢያ/ስረዛዎችን ያካትታሉ። አልፎ አልፎ, የፕሮቲን መቆራረጥ ወይም የጣቢያን ሚውቴሽን (ስፕሊንግ) ሚውቴሽን ኦንኮጅንን (ኦንኮጂንስ) እንዲነቃቁ ሊያደርግ ይችላል. ወደ ኦንኮጅን ማግበር የሚመሩ መዋቅራዊ ልዩነቶች የጂን ውህደት፣ የጂን መሰረዝ እና የጂን ማባዛትን ያካትታሉ።
የጂኖሚክ ልዩነት ክሊኒካዊ ትርጓሜ የታወቁ ሚውቴሽን ክሊኒካዊ ጠቀሜታን ይገመግማል ፣ ማለትም እምቅ የምርመራ ፣ ቅድመ-ምርመራ ወይም የሕክምና ዋጋ። የጂኖሚክ ልዩነትን ክሊኒካዊ ትርጓሜ ለመምራት የሚያገለግሉ በርካታ በማስረጃ ላይ የተመሰረቱ የደረጃ አሰጣጥ ሥርዓቶች አሉ።
የማስታወሻ ስሎአን-ኬተርቲንግ የካንሰር ማእከል የትክክለኛ መድሃኒት ኦንኮሎጂ ዳታቤዝ (OncoKB) ለመድኃኒት አጠቃቀም ያላቸውን ግምት ግምት መሠረት በማድረግ የጂን ልዩነቶችን በአራት ደረጃዎች ይመድባል፡- ደረጃ 1/2፣ FDA የተፈቀደ፣ ወይም ክሊኒካዊ ደረጃ ያላቸው ባዮማርከር ለተፈቀደ መድኃኒት የተወሰነ አመላካች ምላሽን የሚተነብዩ; ደረጃ 3፣ በክሊኒካዊ ሙከራዎች ውስጥ ተስፋ ላሳዩ ልብ ወለድ የታለሙ መድኃኒቶች ምላሽን የሚተነብዩ በኤፍዲኤ ተቀባይነት ያለው ወይም ያልተፈቀዱ ባዮማርከርስ፣ እና ደረጃ 4፣ በኤፍዲኤ ተቀባይነት የሌላቸው ባዮማርከርስ ከህክምና መቋቋም ጋር የተያያዘ አምስተኛ ንዑስ ቡድን ተጨምሯል.
የአሜሪካ ማህበረሰብ ሞለኪውላር ፓቶሎጂ (AMP) / የአሜሪካ ክሊኒካል ኦንኮሎጂ ማህበር (ASCO) / የአሜሪካ ፓቶሎጂስቶች ኮሌጅ (ሲኤፒ) መመሪያዎች የሶማቲክ ልዩነትን ለመተርጎም የሶማቲክ ልዩነትን በአራት ምድቦች ይከፍላሉ-ደረጃ I, ከጠንካራ ክሊኒካዊ ጠቀሜታ ጋር; II ክፍል, እምቅ ክሊኒካዊ ጠቀሜታ; III ክፍል, ክሊኒካዊ ጠቀሜታ የማይታወቅ; IV ክፍል፣ ክሊኒካዊ ጠቀሜታ እንዳለው አይታወቅም። ለህክምና ውሳኔዎች የ I እና II ልዩነቶች ዋጋ ያላቸው ናቸው።
የESMO ሞለኪውላር ኢላማ ክሊኒካል ኦፕሬሽን ስኬል (ESCAT) የጂን ልዩነቶችን በስድስት ደረጃዎች ይመድባል፡ ደረጃ I፣ ለመደበኛ አጠቃቀም ተስማሚ የሆኑ ኢላማዎች፤ ደረጃ II፣ አሁንም እየተጠና ያለው ኢላማ፣ ከታለመው መድሃኒት ተጠቃሚ ሊሆኑ የሚችሉትን የታካሚዎችን ቁጥር ለማጣራት ጥቅም ላይ ሊውል ይችላል፣ ነገር ግን እሱን ለመደገፍ ተጨማሪ መረጃ ያስፈልጋል። III ክፍል፣ በሌሎች የካንሰር ዝርያዎች ክሊኒካዊ ጥቅምን ያሳዩ የታለሙ የጂን ልዩነቶች; IV ክፍል፣ በቅድመ ክሊኒካዊ ማስረጃ የተደገፉ የታለሙ የጂን ልዩነቶች ብቻ; በ V ክፍል ውስጥ, ሚውቴሽን ላይ ማነጣጠር ያለውን ክሊኒካዊ ጠቀሜታ የሚደግፍ ማስረጃ አለ, ነገር ግን በዒላማው ላይ የአንድ-መድሐኒት ሕክምና ሕልውናውን አያራዝምም, ወይም የተቀናጀ የሕክምና ዘዴ ሊወሰድ ይችላል; የ X ክፍል ፣ የክሊኒካዊ እሴት እጥረት።